El mecanismo de rotación y corte del criostato se encuentra dentro de una cámara refrigerada, a una temperatura entre -20 y -30 °C. En esta cámara se encuentra la muestra, la cuchilla y es donde se recogen las secciones, proceso mediante el que se pegan las secciones a un portaobjetos.
La congelación se suele hacer en una plataforma dentro de la propia cámara refrigerada con el sistema de Peltier. También se puede congelar el tejido externamente con la rapidez que deseemos, por ejemplo con nitrógeno líquido, pero es conveniente colocar la muestra en la cámara del criostato hasta que consiga igualar su temperatura con la de ésta para obtener secciones homogéneas. Antes de la congelación, la muestra se encastra en un medio que es líquido a temperatura ambiente y sólido a la de corte. Por tanto, tenemos nuestra muestra en un bloque sólido, encastrado pero no incluido. Esto permite manipular la muestra y adherirla a un soporte portamuestras, el cual se fijará a un eje que avanza sobre la cuchilla.